Oui en effet Joseph est catholique et c'est peu courant car assez ancien.
Quant a Samuel, c'est un prénom judaïque donc les 2 ont une conotation religieuse.

Euh juste je rajoute: je trouve bizarre de dire qu'un prénom est catholique ou judaïque. C'est d'origine hébraïque, grecque, latine.

Il y a plein de petites Marie, on dit pas que c'est catholique pour autant...

Je plussois. Les vieux prénoms reviennent en force. C'est pas moi qui vais dire le contraire avec mes Jules et Victor... (Jules Verne et Victor Hugo on s'était dit  ).
Joseph je l'avais proposé à l'Amoureux aussi ! Je pense que c'est un prénom qui recommence à être donné, donc pas plus vieillot qu'un autre comme Ulysse, Noé ou Léonard qu'on revoit aussi (dans la famille des prénoms connotés).

Joseph, j'aime bcp (cf ma signature) et non, je ne trouve pas que ça fasse catho et vieux...

Ma grande, c'est Sarah, mon neveu, arrivé 1 an et 8 jours après elle, c'est Samuel. Ce sont les 2 premiers petits-enfants de mon côté. Il y a 7 ou 8 ans, quand on demandait à ma mère comment s'appelait ses petits-enfants et qu'elle répondait Sarah et Samuel, elle disait qu'elle lisait toutes les interrogations possibles et imaginables dans le regard des autres. Et il y en a eu pour lui dire, un peu surpris "Ah, mais je ne savais pas que tu étais juive !"  Ma mère était morte de rire. Selon le personne, soit elle ne disait rien soit elle disait que non, elle n'était pas juive mais que de toute façon, juive ou pas, quelle importance ? !!! Et ensuite, Samuel a eu une petite soeur... Salomé ! 
Moi, j'ai cassé un tantinet cet effet-là puisque les jujus s'appellent Nicolas et Dimitri... et là, il y a diverses réactions "Tu es fan d'Indochine ?"  "Tu es d'origine russe ? "  ...  Mais bon, si mon neveu ne s'était pas appelé Samuel, un de mes fils aurait porté ce prénom... avec Sarah comme grande soeur, mais jumelle, ça aurait quand même été côté au niveau des réactions !!! 

Oui, Joseph, ça sonne très catho pour moi. 
Le côté "vieux" me saute moins aux yeux, y'en a beaucoup en ce moment des prénoms anciens qui reviennent.

Samuel, c'est très joli, mais j'ai l'impression qu'il y en a beaucoup en ce moment. 

Tout dépends ce que vous rechercher. Je pense aussi que le plus important est qu'il vous plaise vraiment, mais sans doute que Samuel est plus facile à porter.

+1

J'aime beaucoup la sonorité du prénom Joseph, ça me fait penser à Joseph Joffo, écrivain que j'aime bien. Mais, ça me parait compliqué à porter pour un enfant.