Quel dilemme...

Qu'en est-il des activités extra scolaires? Elles en font? Quelles sont-elles? Font-elles les mêmes?
Ça pourrait être une première piste...
Peut-être passer 1 an, par exemple, à faire des activités extra scolaires de manière séparée (histoire d'éveiller/appuyer des intérêts différents), pour passer ensuite à la séparation en 5e, si elle est nécessaire...

Et avec les copains/copines, ça se passe comment?

Effectivement, la décision n'est pas facile à prendre.
Je te raconte comment ça s'est passé pour nous. Ici les garçons (absolument pas fusionnel) ont été dans la même classe jusqu'en CM2. On a demandé à ce qu'ils soient dans des classes différentes à la rentrée en 6e. C'était vraiment le souhait de l'un des deux qui n'en pouvait plus d'être en classe avec son frère. L'autre, par contre, serait bien resté avec son frère.
 Ici aussi l'un a plus de facilité que l'autre et de ce côté, c'était bien qu'ils soient dans une classe différente, il y avait moins de compétition entre eux. La difficulté qu'on a eu c'est que l'un des deux se sentait perpétuellement "moins chanceux'"  que son frère (plus de devoir que son frère, prof plus sévère, emploi du temps moins bien, pas le meilleur copain dans sa classe etc.) Mais la 6e s'est bien passée pour tous les deux.
En 5e on a encore demandé qu'ils soient séparés, ce qui a été fait. Et on a travaillé avec celui qui se sentait toujours le plus malheureux pour qu'il se sente mieux (avec une psy).
Enfin, en 4e, j'ai renouvelé ma demande, mais elle n'a pas été prise en compte. J'ai eu beaucoup d'appréhension en voyant qu'ils étaient à nouveau ensemble. Mais ça se passe très bien. Et je me rends compte que celui qui me semblait avoir le plus de difficulté a quasiment la même moyenne que son frère. Comme quoi, notre regard n'est peut-être pas toujours bon.  
Nos enfants ont des ressources insoupçonnés et souvent l'inquiétude vient plus de nous les parents. Parles en avec toutes les deux. Explique leur l'intérêt d'être dans des classes séparées (ou pas). C'est sûr que dans des classes séparées, avec des profs différents, Valentine pourra avancer à son rythme et Chloé aussi.

Qu'en pense leur enseignant(e) de cm2?
Le redoublement n'est pas à envisager pour Chloé?

Me souviens d'un "cas" similaire. Ma collègue de cm2 avait des jumelles dans sa classe, l'une d'un bon niveau et l'autre pas du tout ( pour dire un jour la seconde est restée terminer un travail en classe pendant la récréation, sa maitresse était donc sortie avec la classe et quand elle est revenue -l'entrée de la classe se faisait par le fond donc derrière les enfants- de loin elle a vu la fille le doigt levé , elle a observé un moment et tout le temps qu'elle a observé, la gamine est restée le doigt levé , ma collegue a fini par aller dans sa classe , a demandé ce qu'il y avait et l'élève lui a répondu " j'ai fini" ) Qu'elle reste assise en classe en attendant que la maitresse revienne, soitt, mais lever le doigt dans une classe vide  bref ma collègue ne la sentait vraiment pas prête pour la 6 eme    elle hésitait donc à proposer le redoublement du fait que ce soit des jumelles, elle a finit par le faire mais pareil les parents étaient hésitants.
C'était choisir entre : la faire passer au risque qu'elle s'effondre en 6eme ( au niveau des notes, de l'autonomie requise, qu'elle soit le fardeau de sa soeur etc) ou la laisser en primaire (donc séparation ) .

Ils ont finalement choisi le redoublement. D'un , parce que si ça n'avait pas été au cm2, ça aurait été redoublement en 6eme avec encore plus à rattraper et peut être  même encore une plus grosse perte de confiance ,  entre temps elle aurait été un fardeau pour sa soeur qui l'aurait pris en charge au détriment de sa propre progression. Là pour une première séparation, la plus faible restait dans un cadre scolaire connu et le collège lui serait déjà un peu connu par l'intermédiaire de sa soeur pour l'année d'après . Enfin ça permettait à la meilleure d'évoluer à son rythme sans avoir à se soucier de savoir si sa soeur suivait ou pas.   

Maintenant ça ne répond pas à ta question car ta fille, même si son niveau est faible, a peut être tout des même les compétences suffisantes pour la 6eme ( et je sais qu'actuellement il faut vraiment un niveau ras des paquerettes pour que le redoublement soit proposé  ) .   
Sinon je pense comme p´tite lilli, la 6eme ensemble, puis séparation ensuite. Et il serait bien de les informer de cette décision dès maintenant, qu'elles se préparent à cette séparation future, par exemple en leur disant que c'est soit en 6eme , soit aprés. En répondant après, elles auront l'impression de gagner un an 

Dans le collège de ma fille il existe une classe à petit effectif (16 élèves maxi) de la 6ème à la 3ème, le programme est fait au ralenti plus approfondi et ils n'ont qu'une langue au lieu de deux. Les profs y sont plus attentifs et protecteurs.
Certains prennent confiance en eux et arrivent à intégrer une classe normale en cours de route.
Si elle arrive à prendre confiance en elle ainsi, elle acceptera peut être mieux la séparation.
Et Valentine acceptera peut mieux de "vivre sa vie " si elle voit que sa sœur est capable de se débrouiller sans elle.

D'un point de vu général, les enfants s'adaptent bien vite au collège (et pas toujours en bien  )
Lorsqu'ils sont en cm2 on les voient encore comme des enfants mais lorsqu'ils passe au collège ils passent vite, très vitre  au mode  pré-ado avec la volonté d'indépendance.

Bon courage ce n'est pas une décision facile à prendre, mais je crois qu'il faut beaucoup dialoguer avec elles. Ne pas leur imposer la décision mais les amener à comprendre l'intérêt pour elles de telle ou telle décision de façon à ce que quelque soit la décision prise, elles aient vraiment l'impression d'avoir choisi.