Je retrouve mes filles dans tout ce que tu écris. Pour moi, une des solutions a été qu'elles soient séparées en moyenne section.

Pas trop mal. Ca a fait du bien à A qui se laissait porter par sa soeur, ça a été plus dur pour E qui a perdu confiance en elle. Ceci dit, si elles avaient le choix, elles préfereraient se remettre ensemble.
Parfois je me demande dans quelle mesure je n'ai pas tout compliqué.  Dès lors que leur propre relation est saine, il vaut peut être mieux ne pas trop se préoccuper des autres (instit, autres parents...). Je ne crois pas que les "jumeaux" souffrent d'être parfois perçus dans leur dualité, et j'imagine que quand les parents et personnes proches de la famille les considèrent individuellement, ils arrivent à construire leur identité sans problème.
Elles ont également chacune leur chambre, ça par contre, j'y tiens et elles aussi.

Et as tu la possibilité de leur proposer des activités extrascolaires différentes ? Ex : 1 au judo, l'autre à la gym...ça pourrait les habituer tout tranquillement à s'épanouir en solo

Mes filles ont 3 ans, elles sont dans la même classe car nous habitons un petit village (2x 500 hab) qui partage l'école avec le village d'à côté.
A la rentrée la classe était composée de 21 petits, 4 moyens dont 3 paires de jumeaux ! Je pensais que mes filles seraient un peu moins stigmatisées, mais en fait elles sont devenue les chouchoutes de l'école. A la cantine les plus grandes sont tjs après elles pour leur donner à manger, mettre le manteau, raconter des histoires. Elles, elles adorent et se laissent dorloter. Elles sont appelées "les p'tites jumelles" par ceux qui ne les reconnaissent pas. Depuis peu elles savent qui sont les "tites jumelles" et elles en jouent. Parfois elles s'amusent à échanger les manteaux, mais ça marche que si l'autre est d'accord ! 

Je n'arrive pas à dire si elles sont si fusionnelles que ça car je n'ai pas de comparaison, j'ai une vision très caricaturée du comportement fusionnel.
Ce que je peux dire c'est qu'à la maison, dans les magasins elles ne peuvent pas se perdre de vue. Si M. est avec nous et ne voit plus sa soeur, elle nous quitte sans prévenir pour partir à sa recherche. Alors que s'il manque papa ou maman, rien de grave... 
Après je pense qu'il faut voir le comportement à l'école. La maîtresse nous dit qu'elles ne sont pas toujours ensemble. Idem à la cantine et à la garderie. Elles savent (dans la même pièce) avoir des activités différentes.
A la maison, lorsque je suis seule avec l'une, elle demande toujours où est sa soeur. S'il y a des photos d'une sortie en solo, elle dit toujours que sa soeur n'était pas là. Je pense que ça les marque émotionnellement. Mais bon, la sortie se déroule qd même sans pbl. Donc je ne m'inquiète pas.

Leur relation me semble équilibrée. L'année prochaine je vais voir si je peux les mettre chacune à une activité différente. Reste juste à trouver ! Car à cet âge, pas facile de diversifier les activités sportives. Sinon je les mets toutes les 2 à la gym mais pas le même jour...