Oui, c'est vrai que ça doit pas être simple de décider de ça.
Moi, dans l'absolu, je me dit que c'est bien pour eux de pouvoir prendre leur indépendance, de se construire séparément (surtout si l'un ou les 2 sont assez fusionnels). Ceci dit, je pense que ça dépends vraiment des enfants, certains ont besoin de poursuivre cette relation à 2 pour s'accomplir.
Mais si tu as confiance en leur instit, ça peut être bien de suivre son avis, vu qu'elle les voit de l'extérieur, peut-être qu'elle est plus objective...
Y'a pas longtemps, j'ai vu une émission où un spécialiste des jumeaux (un psy je crois) disait qu'il ne fallait pas les séparer, s'ils avaient besoin de rester ensemble. Mais je pense que sur le sujet, les avis diverges beaucoup.

Moi, même si c'est pas tout-à-fait pareil que des jumeaux, mes filles auraient pu se retrouver dans la même classe cette année, parce qu'il y a des MS dans la classe des PS, mais la directrice à choisi de les séparer, et je trouve ça très bien, parce que ma grande colle beaucoup sa sœur qui elle est très indépendante, je sais que si elles avaient été dans la même classe, elle ne l'aurais pas lâchée...

Et puis, elles ont certaines activitées en commun où elles sont ravies de se retrouver (surtout ma grande...

).
Par contre, personnellement, je ne leur demanderais pas leur avis, je pense qu'ils sont trop jeune pour évaluer ce qui est le mieux pour eux, et si par la suite, ta décision n'est pas ce qu'ils auraient souhaité, tu risque d'avoir du mal à leur faire accepter...
